依存性管理は構成管理に含まれるのか?

個人的には含まれないと思います。とはいえ関連性はある。

モジュールにどう分割して、どういう風に依存させていくかというのは重要です。

モジュールというのは例えば、DBアクセス専用のクラス、各機能から横断的に使われる共通クラス、前記2つに依存するWebアプリとかです。

こういった依存性管理は構成管理というよりは設計の話になると思います。設計を経て構成管理としてどう管理するのかっていう話になるのかなと。設計を経ないとリポジトリ構成も決まらないだろうし。

Javaでいうと上記のビルド成果物はhoge-db.jar, hoge-common.jar, hoge-web.warみたいな感じ。各々のモジュールごとにEclipseではプロジェクト分けしてそれを下記のような感じでSVNに登録します。
DVCSならモジュールごとにリポジトリ作る感じかな。

http://.../svn/ProjectA/
    |
    |--------document/
                            |--------trunk/
                            |--------branches/
                            |--------tags/
    |--------src/
                            |--------trunk/
                                                 |--------hoge-db/
                                                 |--------hoge-common/
                                                 |--------hoge-web/
                            |--------branches/
                            |--------tags/

このモジュールはさらにTracでいうコンポーネントに対応するでしょう。

各モジュールが、Eclipseのプロジェクト、SVNリポジトリのフォルダ構成、Tracコンポーネントというように関連することになるでしょう。さらに各モジュールがJenkinsのジョブに対応することもあるかも。

というように依存性管理は構成管理に含まれないけど関連性はあるかなと。