プリファレンスストアが保存されるまでメモ

org.eclipse.jface.preference.PreferenceDialog#handleSave

org.eclipse.ui.preferences.ScopedPreferenceStore#save

ときてプロジェクトプロパティの場合は

org.eclipse.core.internal.preferences.EclipsePreferences#flush

org.eclipse.core.internal.resources.ProjectPreferences#save

保存場所は
org.eclipse.core.internal.resources.ProjectPreferences#getFile
で取得する。
結果は、
プロジェクト/.setting/プラグインID.prefs

ワークスペースの設定の場合は、
org.eclipse.core.internal.preferences.EclipsePreferences#flush

org.eclipse.core.internal.preferences.EclipsePreferences#save
ときて保存場所は
org.eclipse.core.internal.preferences.InstancePreferences#getLocation
で取得する。結果は
ワークスペース/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.runtime/.settings/プラグインID.prefs

ProjectPreferencesとInstancePreferencesはEclipsePreferencesを継承している。